Ha главную страницу четвертого семестра

Исследование филогенетического дерева белков глобинов из Callitrichidae и Homo sapiens.

Дерево, соответствующее построенному программой GeneMaster можно посмотреть здесь

Поиск производился с помощью поисковой системы SRS, были получены аминокислотные последовательности заданной выборки - белки семейства глобинов из Callitrichidae, Homo sapiens. Был составлен список организмов выборки.
Затем программой ClutalX было произведено выравнивание и реконструировано дерево по алгоритму ближайших соседей (Neighbour-Joining). На основании этого было построено дерево программой GeneMaster.
Также было построенно таксономическое дерево с помощью соответствующей программы сайта NCBI.Заметим, что данная программа не может успешно работать с исходным списком организмов, его вид должен быть следующим

Таксономическое дерево можно посмотреть здесь

Предположения об ортологах и паралогах.

В качестве примеров ортологов я выбирала белки, которые с одной стороны имеют сходные аминокислотные последовательности, с другой - из эволюционноблизких организмов (если судить по полученному таксономическому дереву).Наиболее вероятными мне показались пары (выделено оранжевым) Собственно говоря, в данной выборке можно выделить три группы белков, первая — белки, принадлежащие обезьянам-игрункам, (род (Callithrix)), вторую составляют белки организмов рода Мартышки (Cercopithecus), третья представлена белками человека( на рисунке отмечено соответственно синими, красными и зелеными маркерами).
В качестве паралогов я выбирала белки,принадлежащие одному организму, но выполняющие различные функции и "удаленные" по дереву, наиболее вероятными мне показались пары, составленные по принципу:один из перечисленных ниже белков (выделено зеленым) и практически любой белок HBx_HUMAN, где x представляет обозначение субъединицы гемоглобина(альфа — А, гамма1 — G1, и т.д.)